在地，刚刚在城下排列好队列的西班牙军队赶紧不分敌我的开了火，把‘混’战中的土著兵和华人起义者统统打翻。
正在这时，在巴石河岸边从尹峰手下逃脱了的比拉贡上尉和弗洛雷斯修士带着日本人也冲了过来，从侧面攻击了华人队伍。日本人的这一击把华人队伍完全击溃了，而且他们还一路尾追华人起义者冲进了巴里安。
再次攻进巴里安的西班牙人、日本人和土著雇佣军放火焚烧并抢劫剩余下来的巴里安市场。许多留在自己商铺始终未参与起义的体面华商，绝望地看到一切正在被彻底毁掉，在西班牙人的部队冲进来时，他们为了保持尊严而纷纷上吊自杀，或自行放火把自己和财物一起烧掉。火苗由巴里安区的各处冒出，战败溃逃的华人在大火于浓烟中四处穿行；他们由街道两边悬挂着的上吊自杀的华商尸体中间穿过，后面的敌人不断追上来把落在最后的人杀死，被‘逼’急了的华人起义者返身杀回去，与敌人在街头巷尾到处展开‘肉’搏战。
这时，马尼拉城外战场上的华人起义者大部分都撤退到巴里安。虽然很多人已士气低落，但他们的人数仍旧远远超过敌人，不少人顽强地在巴里安的断垣残壁、火场废墟等一切地方与敌人展开殊死拼杀，冒着马尼拉城头的炮火和西班牙人的火枪子弹，依靠地形优势把敌人一次次打退。西班牙人、日本人、土著兵和华人们在烈火与浓烟中间从中午一直打到天‘色’昏黑，西班牙人仍然无法完全控制整个马尼拉郊区，不得不撤回城里去。
外来压力一减弱，华人们一团散沙的‘毛’病又重犯了，剩下的20000不到的华人‘乱’纷纷地退出巴里安区，分别向南向北撤退。他们已经没有具有威望的领导人了，华人基督徒的领袖在内讧中被杀，漳州帮和泉州帮以及工匠行会的大佬都在上午的攻城战中战死了。没有人还想着能战胜，所以，华人起义者们失去了有组织的抵抗，分散成以同一个县、同乡、同村或者同一家族为单位的小团体，‘乱’哄哄地撤出了巴里安。幸好他们都是夜间行动的，西班牙人没有察觉。
还有一些感觉无路可逃的华人留在了巴里安，决定和巴里安一齐毁灭。他们主要是些在吕宋居留了十几年以致几十年的侨民，祖国的老家已没什么亲人可以投靠了；假若最终要在家乡流落街头穷困而死，那还不如在巴里安和敌人一齐同归于尽。
整个吕宋岛上，唯一的有组织的华人武装只剩下尹峰和鲁石头带领的逃亡队伍了。
由于比农多首先被西班牙人攻占，向巴石河以
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