指证出来，当即被拖出去处死了。尹峰看着他们被处死，也觉得很无奈：这是想要成立一支真正的舰队所必做的事；否则，中华联合公司永远只能有海盗帮。这次事变的罪魁袁进，尹峰对他下了追杀令，任何中华公司的战船在任何时候发现目标，都要加以消灭。
事情的原委也被揭露出来：税使太监高寀和荷兰人勾结在澎湖通商一事被尹峰搅黄了；虽然官方说法把功劳全给了沈有容，但是老百姓传说中的事实完全不是这么回事。高寀很快也打听到了事情的真相，也就把沈有容和尹峰的中华公司一齐怨恨上了。他命令总兵朱文达和师爷周轩想办法报复中华公司。于是，才出现周七到台湾的一幕。袁进曾经向朱文达表示过投降招安的意思，周七就通过早就对尹峰极端不满的袁进，在战船队内部挑拨离间，煽动起了这次叛乱事件。在尹峰到达魍港的前一天，周七刚刚离开。
处理的海盗头目，那些剩下的胁从人员得分别处理；原李旦系统的人大多不愿再在战船队干了，但也不能放他们回去大陆；他们一回去一定马上去加入袁进的额船队，重操海盗旧业。所以，这帮人全被打发到各个屯垦庄园去做庄丁，对付那些土著人的挑战。
至于海盗帮的人员，大约有300多人愿意接受严格的军纪管理，留下来继续干；其余的人，有家的发放安家费遣散回家；或者他们可以举家来台屯垦，可以优先分配土地。还有一些无家可归者，主动要求留在了屯垦庄园做庄丁或屯垦户。就连鲁石头也要求去屯垦庄园。
“鲁大哥，你可是海盗帮所有股份的代表人啊？你真得不想再在战船队干了吗？”尹峰闻讯赶来劝说鲁石头留下：“这次事件不能怪你，是高寀的人和袁进在捣鬼……”
“尹兄弟，不用劝我。我不是要离开公司，我只是累了，三十年了啊！不想再跑海了，我想把家乡的亲人接来台湾，耕着几亩地养养老了。你鲁大哥还没老婆呢！”
鲁石头最终去了麻豆社新开辟的屯田庄园，成了这一带所有屯垦庄园的庄头。
而战船队被彻底洗牌，所有组织结构全部重建。现在，战船队正式改名中华联合公司护卫队“水军”，拥有战舰“飞龙号”，辅助战舰“新兴号”，福船型双桅战船40艘，鸟船桨帆战船20艘。
所有水军成员必须在海员学校学习，然后成为见习水手，帆缆水手，高级水手一直到水手长；高级船员有值库、炮长、船长等，都是由水手按功绩选拔提升上去的。所有水手不再按什么海盗帮、疍民水手等地域区别或来源
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