菲律宾南部资源极其有限，不值得费劲去征服；二则，尹峰并不想让桀骜不驯的南方穆斯林把对西班牙人的仇恨转到中国人身上，也不想和穆斯林打个几百年战争。
不过，针对穆斯林乘火打劫、企图乘乱捞一把的行为，中华公司如果不把他们一次性打痛打残，那也是会后患无穷的。所以，李旦极力主张动用中华公司主力部队攻击南方穆斯林联军。在这一点上，传统型的中国官僚吕宋镇守府大总管曾棋，出于他以前在崖州和黎族人打交道的经验，倾向于息事宁人，甚至想放弃宿务。多亏了李旦的坚持，还有护卫队赵铁、麦小六等人都主张先严惩后招抚的措施。
在宿务、三宝颜大胜后，中华公司并未深入棉兰老岛地区，只是占据了三宝颜炮台据点，派出了泉州回族商人为代表，去棉兰老岛上谈判。中国人比西班牙人多一项优势：大多数华人本质上是现实主义和兼容并蓄的民族，对于宗教不会象西班牙人和穆斯林那么狂热，所以菲律宾群岛南部的穆斯林和新的吕宋统治者中国人之间，没有宗教矛盾。
同一时期，潘和五为首的南洋辅助军解散，大部分人回了越南，潘和五则留在了吕宋岛南部，继续征服南部土著部落。为了早日平定吕宋岛，尹峰还把运来屠杀罪犯的飞龙号主力战舰派回了马尼拉；新的主力战舰已经在马尼拉湾甲米地船厂开工建造，这将是中华公司即将拥有的最大战舰……
……
万历三十五年（1607年）的农历七月十八日，一支荷兰舰队忽然前来台湾港访问。而第二天就是预定中审判西班牙杀人犯的日子。
这一天中华公司从澎湖撤回了主力战舰飞龙号，官军也在这一天基本撤离了澎湖。尹峰已经正式成为朝廷从九品小官台湾巡检司巡检，还有个千户的衔头。台湾巡检司和台湾千户所，官府一文钱的费用都没有出，全得靠尹峰自己来搭起这个机构。他正在盘算如何从福建官府方面榨一点钱，然后名正言顺地扩军；最近他手头有点紧，年初到现在战事不断，军费开支太大了，而这时都是向海外出货的季节，白花花的银子要等下半年才能收回来。他正在烦恼时，却听闻荷兰人舰队的到来，不由地一拍桌子：“有人送钱来了！”
前一年，荷兰使臣达·尤该（Jonge）携奥伦治亲王致万历皇帝的信来到暹罗，请求暹罗国王代为联络，与中国直接通商，但没有结果。今年，1607年初，达尤该和新任荷兰东印度公司海军司令——海军上将麦特利夫()指挥八艘船只组成的舰队前来中国沿海寻找和中国皇帝
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