万历三十七年(公元1609年，日本庆长十四年)的七月间，中华联合公司的舰队出现在鹿儿岛湾，进而深入到距市街不远的滨冲海面，排成单纵列战斗队形，严阵以待。
在在日本古代，鹿儿岛古时被称为熊袭之地、隼人之地，这里居住的隼人部落对大和朝廷降而复反，反而复降。此后随着大庄园岛津庄的出现，作为镰仓幕府在此地的领主的岛津氏不断扩大势力，逐渐支配了此地并积极发展与南方诸岛的贸易。岛津庄不断开拓势力范围，在岛津庄任下司一职的惟宗忠久（即后来的岛津忠久）于1185年进入了出水地区、随后成为了萨摩、大隈、日向三国的守护。
镰仓幕府初期，岛津一‘门’都居住在镰仓，一般认为，1341年岛津贞久入住鹿儿岛郡东福城标志了岛津氏开始移居到鹿儿岛。此后，岛津氏在1387年（日本历元中四年）建成了清水城，岛津贵久则于1550年（天文十九年）在清水城附近更靠海岸的地方建成了内城并入住。在此附近靠山的地域由于集中了武士的赐第、被称为“上町”，而稻荷川河口以及滑川到海岸堤防（由于种植了柳树，后被成为柳町）一带主要是百姓的住宅、被称为“下町”。
内城虽说号称是“城”，但其实质上只是挖了一道护城河的宅邸，防御力极度匮乏，1600年（庆长五年）关原之战战败后，迁移问题被提上了桌面。
到了室町幕府末期，岛津氏的势力快速增长，但是就在其意图一统九州之时为丰臣秀吉的军队所挫败（1587年）。鹤丸城的落成据说是在1603年（庆长三年），拥有高大的箭楼和天守阁。（原先的历史时空中，鹤丸城在1696年毁于大火后被重建，但是重建后的鹤丸城没了箭楼和天守阁，只是单纯的宅邸构造罢了）当时的建筑主要集中在上町，但是这些年在甲突川右岸出现了鳞次栉比的武士赐第与民居，形成了城下町。高级武士的住宅沿着千石马场大街分布，下级武士则住在加治屋町的附近。
战国时期的甲突川沿城山东麓而来，经御着屋于俊宽掘附近入海，其与稻荷川入海口一起被辟为港口，让鹿儿岛的海外贸易得以兴盛起来。
岛津氏致力于发展同明朝政fǔ、朝鲜以及南方诸国间的贸易。鹿儿岛、阿久根、山川坊津作为贸易港在当时占有重要的地位。正是由于采取了‘门’户开放的政策，铁炮与基督教最先传入了此地。
这几年岛津家的日子一天不如一天，岛津氏参加文禄、庆长之役和关原之战，支付了大量的军费，损失
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