中国移民不论老少男‘女’都被屠戮一空。分散在各处移民村的中国移民纷纷向拥有坚固堡垒的种植园、商站、中华商馆和井里汶王城逃亡。
不断有死里逃生的华人难民沿着丛林、河流边缘，逃亡到井里汶王城和本地最大的堡垒中华商馆‘门’下。跟着华人逃难的还有不少给华人打工干活的巴厘岛人。在16世纪初的时候，爪哇最后的印度教王朝满者伯夷被穆斯林消灭了，信仰伊斯兰的马达兰王朝就在这个时候建立，一些不愿意改信伊斯兰教的满者伯夷王朝的皇族**到了巴厘岛，在此建立新的政权，继续维持印度教的传统。因此，后世的巴厘岛一直到21世纪都还是属于印度教信仰区。在尹峰的中华公司在爪哇发展势力时，也派人在巴厘岛建立了商馆，巴厘岛的唐人街也兴旺发达起来。由于巴厘岛地少人多，因此不少巴厘人就到井里汶中国人开办的种植园和甘蔗榨糖厂来干活了，当地华人有的还娶了巴厘岛‘女’子为妻。
巴厘人视马达兰人为仇敌，自己也被马达兰的穆斯林们仇视，因此大批巴厘人跟着中国人一齐被杀，也只好一齐逃难。
幸好颜思齐、赵宣明等人早有准备，每座棱堡内都储备了足够的粮食和弹‘药’。在半年之内，大批的华人难民不会被饿死，时间长了就难说了。
而马达兰军队缺乏火器、也缺乏攻打拥有高大坚固城墙堡垒的经验—与拥有万里长城的中国相比，爪哇岛上、甚至整个南洋，实际上没几座城市拥有像样的城墙。因此，马达兰军除了在一开始打破了南部几座华人驻守的小城堡，此后面对中华商馆和商馆掌柜孙亚者的孙家城堡时，完全束手无措，被堡垒上密集的燧发火枪子弹、大炮、手雷打死了数以千计的士兵。
最后，马达兰苏丹阿贡不得不决定以围困为主，指挥大军在中国人的堡垒周围挖掘壕沟、竖起竹栅栏，封锁了各处河口、丛林入口。同时，他也派出人去巴达维亚，向荷兰人去购买大炮等重火器。
赵宣明在巴达维亚中华商馆内主持大局，井里汶中华商馆的部队指挥官是吴浩，原先李丽华的亲卫队长，五年前曾保护李丽华在爪哇岛上逃难，后来就留在了爪哇岛。他们现在也没什么好的对策了，被马达兰人、万丹人、荷兰人分割包围在两地，互相之间只能靠船只通过海上联络，而且只能在晚间偷渡过荷兰军舰的封锁线。
此时巴达维亚的荷兰人与中国人之间，已经开始大规模的武装冲突了。巴达维亚中华商馆在五年前被烧毁了，后来在巴达维亚的东面重建，是一座高达十丈的水
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