毛利辉元的拦截还是来晚一步，眼睁睁看着织田信长携带八千余众逃入京都，匪首脱逃使得战事的收尾显得不太完美，不过拦截军还是拦住几条大鱼，织田军的主力大将柴田胜家、佐久间信盛、羽柴秀吉、泷川一益、池田恒兴等人皆没有来及逃走，在大军围困下值得束手降伏。
织田军先阵大将森可成很不幸的战死，随他一起战死的还有稻叶一铁、氏家卜全、安藤守就，以及中川秀政、津田盛月兄弟二人，此外西军战死的大将还有波多野秀治、游佐信教、池田胜正，无家可归的朝仓义景不出意外的兵败被杀。
三好义继仗着靠近木津川的优势，带着万余残部拼命的向淀川靠拢，凭着淡路水军参与的内河水军众接应，还就真的让他给逃脱出去，不过逃脱总是要付出代价的，断后的人选被三好家一门众一致投给松永久秀与松永久通父子。
这父子俩被织田信长派来作为与力，时常在三好义继面前拿捏腔调，若不是畏惧织田信长财雄势大兵精粮足，他早就把这可恶的两父子给清理掉，这次逃跑很显然不需要这个吃里爬外的家伙跟随，于是这父子俩就带着本部的三千残部留在木津川“断后”，他们俩所要面对的是来势汹汹的本庄秀纲，这对父子到死的那一刻都没来得及提出自己的降服代价。
三好义继短暂的逃脱并不会给他想要的逃出生天，淀川出海口早就被东军掌握在手里，摄津国原本也已经被东军控制着。即便此刻东军离开摄津放松掌控力。可当地的国人领主又怎么会听从这群败兵的指挥。果然刚逃入摄津国没几天，就被摄津国人设计擒下扭送到阵前。
二十余万大军围困京都，吓的京都城内的町民携家带口的往城外避难，织田信长只得带着八千军势封锁大内里及左京，为的是防止京都的天皇与公卿们转投城外的东军帐下，他的这一做法激起朝廷上下的激烈反对，只可惜他们的反对和风评已经影响不到织田信长了。
当天傍晚，东军从京都七口攻入城内。织田信长下令丹羽长秀、明智光秀各率三千军势抵挡，而织田信长本人则带着两千本阵离开本能寺，进入二条御所挟持足利义昭做负隅顽抗，看着丹羽长秀与明智光秀在分别向南北两个方向离去，织田信长能够暂时放下信众的忧虑，回到二条御所里进餐。
这是二条御所很普通的一顿晚餐，一碗白米，一叠腌萝卜，一条鱼，还有一碗味噌汤。厨师们还别出心裁的准备杨梅数粒作为佐餐食物，织田信长叫嚷道：“有宴岂能无酒。余知道御所里准备了清酒！拿出来吧！”
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