马尼拉大主教圣地亚巴内兹的同一封信可以作为这一历史事件发生前的见证：“一些信教或不信教的中国人前来找我，抱怨陛下的官员和其他西班牙人每天都给他们造成很大的伤害。他们给了我两封要给陛下的信，是根据他们的习惯用中文书写的，我已经把信翻译成卡斯提文字（当时的西班牙官方文字）。这些人除了我们多明我会(St.Dominic)外，得不到任何保护。我作为这个教会的领头人，他们求我保护，要我把信送给陛下。我向陛下保证，这些可怜的人受到了太多的委屈和伤害，完美的基督教法律的最大敌人就是陛下在这里的官员。陛下规定，中国人拥有的东西不得受到干扰，更不能被拿走，因为这是破坏西班牙人和中国人的一种方式。但是这个命令却一点都没有得到遵守。陛下将会称许我一点都没有夸张。”另一方面，西班牙人也处在高度紧张状态中，1603年（万历三十一年）7月6日马尼拉大主教本纳维德斯（MigueldeBenavides）写给西班牙国王菲利普三世的信中表露了这种心态：“陛下应当清楚这个国家（指菲律宾）必须经常处于防卫状态中。我们不但害怕日本人，也害怕中国人想要破坏我们的安宁。”1603年12月11日在菲律宾的一些传教士写给菲利普三世的信，说明事件的大致经过：“今年6月，我们在马尼拉市区教会的这些人，陛下的子民和传教士，曾经透过离开群岛前往新西班牙的船只向陛下报告了当时似乎最值得王室关注和关系到这个教会与这个共同群体的福利与作用的事项。随着新的事态的发展，我们依照我们应尽的义务，向陛下报告，在圣方济日前夕，住在本市郊区的
“生理人”起而作乱，人数有两万人，纵火烧房屋，杀死了几名住在城墙外的西班牙人和南洋人。
他们与我们的人作战，杀死了一百三十名西班牙人，包括多名最知名的人士。
他们攻击市区，驻扎在圣方济各会教士建造的一所很大的石头教堂内，离开城墙三百步远，情况很糟。
市区非常危殆，因为西班牙人几乎不到一千人。我们的人炮轰了这些‘生理人’所住的涧内，…敌人因为遭到大炮重创，放弃了他们所控制的局面，退到乡下内陆去，我们的人追击过去，很快就切断和杀死了他们。
我们的主消除了陛下拥有多年的这个城市和群岛的险情，…我们还担心中国庞大的舰队会前来攻击这个城市，愿主仁慈地保护这个城市。
“上个月底，这个城市发生了大火，风很大，半个城市的房屋
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