吕宋岛的基层政权在省以下，虽然也有镇、村之分，当地土著可以出任副镇长（Zuez)或村长((caheza)。但是，传教士在村、镇权势很大，镇长，村长等远不是地方行政的主持人，事实上他们仅是奴仆，首先是教区牧师的，其次则是本省各级行政，军政和司法首长。
土著镇长、村长地位不高，他们受着书记官(一般是传教士的‘私’人亲随)的制约。如未经传教士的许可执行上级行政首长(包括总督、省长)的指令，将会被传教士处以鞭挞100藤的惩罚。收缴赋税贵任之重大与他们薪奉之菲薄，形成了鲜明的对照。然而，镇长、村长作为西班牙传教士‘操’纵菲律宾地方基层政权的工具，他们催税迫赋，作威作福，构成了西班牙地区基层统治的基础。
因此，尹峰的中国人文官每到达一地，废除当地村镇长官的职务，由公司派遣和指定的合作者担任，这项措施的实行，一般土著百姓并没有什么抵触情绪；西班牙人手下的那帮官员确实都不是好东西。中华公司对吕宋岛基层政权的统治是一竿子通到底的，直接由公司派出的人员下到村镇收税，不再假手土著中间人。同时，中国人推行并村计划，把分散的土著村庄迁居，集中居住在一些大村镇内；一方面便于管理，一方面打‘乱’了各村寨的凝聚力，同时空出大片的土地可以供给中国人分地用。
日侨聚居的迪劳、圣米格尔等地的日本町，迪劳已经被外籍雇佣兵彻底抢空烧毁了，尹峰允许那些躲避国内宗教迫害而逃亡的日本人居住在圣米格尔。日本人对于强者一向是很顺服的，很快日本町就安稳下来了。他加禄人聚居的马拉特等地，由于本来就和中国人关系较好，也很快安定下来。
中国人对吕宋实施统治管理的最大阻力来自天主教会。因此，这些天中华公司军队四处搜捕，把吕宋各地几乎所有的传教士都被抓到了马尼拉。
“吕宋范围之内，现在大约还有100名各个天主教传教会的教士，其余的，很不幸在战场上去见了上帝。”尹峰看着大厅中老老少少的几十名传教士，一边冷笑一边用汉语说着，李丽华把他的话毫不带感情地翻译成西班牙语。
“所有反抗我们公司统治的传教士，除了在马尼拉地牢中的15人外，其余的人在我们中华公司军队的追捕下已经躲入深山沼泽，我们迟早会抓住他们的。诸位先生很不明智，在我的军队到达时组织反抗，导致许多无辜的土著人**，这个责任必须由你们承担。这其中，我们没有发现耶稣会的教士，耶稣会很好地与我
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