万历皇帝眼见方从哲在下面不断擦冷汗，口中说一些什么“海贼人数不多，以火器犀利为长技；我军人数众多，以多为胜，必能聚而歼之“之类的空话，心中大为不满。万历皇帝虽然消极怠工，但却不是个傻子笨蛋，一眼看出了方从哲在泛泛而谈，没有一点实际有用的。
他大手一挥：“先生之言，朕已知道。望先生多方筹画，计出万全，速建奇功，以膺大赏。今日南城大炮惊扰内宫，太子受惊发热，如今尚不能起‘床’。旬日之内，诸大臣如还不能驱走海寇，先生还请自便吧。”
万历捎带着提到了太子，使得当年力捧太子正位的方从哲从心底里泛出寒气。
方从哲一身冷汗、伏地跪拜，称罪不起。半饷，一个小太监小声在他耳边说道：“圣上已回宫也。”
方从哲抬起头，果然御书房宝座上，万历皇帝已经不见人影。他擦了一把冷汗，倒退着离开御书房。
出了内宫，方从哲将在京师的所有九卿科臣统统找来，商议如何应战。他一改办事推诿拖拉的习惯作风，强调要对海寇速战速决，集结昌平的各路官军要立刻出击通州，与海贼决战。他让户部立刻二十万饷银解往各部，催调宣、大、延等地边军继续向京师方向增派援军，同时任命山海关主事邹之易为辽东监军，要求催促明军的主力部队辽东军在三日内迅速出击京师东郊。
另一路主力，京师三大营部队的战斗力，他自己也没把握，只是让御马监太监马塘为监军，督促三大营‘精’选出征士兵，三日内出击京师东郊。
同时以分守兵备参议阎鸣泰监督宣大、延、蓟、山海关等地勤王军队，要求各地部队在三日内出击京师东郊，一举歼灭海贼。
前面已经任命的总监军，兵部尚书黄嘉善，还有天津经略赞理兵科给事中赵兴邦。则因为办事不利被他斥责了一番。方从哲在此时表现出从来没有的果断和坚决，力排众议，将所有反对意见一干压下。他把万历皇帝“旬日之内破敌”的话添油加醋复述了一遍，所有反对者都闭了嘴。很明显，再拖延与海贼的决战，所有人的乌纱帽都将不保，可能脑袋也会不保。
诸多的监军和层次众多的指挥架构，使得明军指挥体系一片‘混’‘乱’。好在勤王的边军大多毕竟是常年打仗的老兵，加上临时拨下去一大笔军饷，使得军心稍安，众军士总算还能听从指挥。三日之后，手忙脚‘乱’的十万明军终于从昌平集结地开拔了。
主将蓟辽总督汪可受坐镇昌平，实际上他已经被剥夺了很多
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