求朝廷准许他练新军，用西洋教士引进新式火器，重振明军的声威；而在与中华公司和谈期间，海饷不可再征收，特别是新收复的地区，需要稳定民心，休养生息，决不可滥征各种饷银。
这三个折子使得朝野震动，众说纷纭。内阁首辅方从哲左右为难：在新收复的地区停征饷银、海饷，这会使严重缺钱的大明朝廷更加难以度日。而官军的无组织无纪律的暴行，以及各种苛捐杂税，已经把那么多百姓、士子推到了中华军这一边，简直是在为渊驱鱼、便宜了中华军海寇集团。这也是有目共睹的事了：京衢地方的皇庄、官庄、勋贵家的庄园，其中的佃户、奴仆几乎都已经逃亡一空了。
大赦令倒是很快下达了，一些被抓的文士、小地主被释放了。蓟辽总督文球组织了一批粮饷运到了通州，缓减了那些官军的抢掠行为。
但是，徐光启关于停止征收海饷的意见，在朝堂之上几乎无人表示赞同。理由很简单，没有海饷，大明朝廷在财政上就彻底“破产”了。
徐光启关于利用西式火器‘操’练新军的建议，则被大多数人视为惊世撼俗的言论，也是没几个人赞同。但是军事上的失利使得大部分官员觉得：用西洋火器练新军，可能是个挽救危机的办法，不妨一试。但是，练兵买火器，那是和钱有关的‘肥’缺，大家都眼红了，这徐光启是坐了火箭升入内阁的，不能再让他在这项‘肥’缺上占得头筹了。
于是，徐光启被挂上大学士头衔，升礼部尚书一职，担任谈判使者，南下南京，与中华公司头目尹峰谈判招抚之事。
朝廷官府这个时候还死要面子:明明是被人家用枪顶着脑‘门’子‘逼’着和谈，却还是要‘弄’出个招抚的名义来。徐光启本来是要从运河南下的，但是此时山东境内徐鸿儒的白莲教叛‘乱’武装掐断了漕运航线，山东官军和白莲教徒们正打得不可开‘交’。于是，急于达成和局的徐光启带着人向天津卫方向进发。
他这个举动把招抚副使、兵科给事中赵兴邦吓得不轻，他跳下自己马车，冲到徐光启的马车前面哭喊道：“徐大学士，不可啊！不能由海路走！那海上可是海寇的地盘啊！”
徐光启喝令停车，缓缓地下车对赵兴邦拱手道：“赵大人何出此言？台湾海寇既然已经撤军回岛，也就是真的想达成招抚之举，不会对我等朝廷使者做什么的。你放心吧，我在他们的枪炮之下，不也是平安度过了好几个月吗？”
大明朝招抚海寇的天使一行20余人，突然出现在了天津卫以北的一座堡垒
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