到了长江口，徐光启更加吃惊地发现，有上千艘各种船只在忙着转运货物和人员。曹泰得意地告诉他：“我军在江南与百姓相处甚为和谐，我公司提倡公平贸易，现银‘交’易绝不拖欠，各处商家、小贩都愿意与我们‘交’易。徐大人看到了吗，这些商船运输的都是我们在江南收购的货物，其大宗者有生丝、丝织品、瓷器、白糖、果品、鹿皮以及各种日用珍玩等，我们公司将这些货运销海外，而换取大量白银以及胡椒、苏木、香料等回国出售。您看到的那些去金陵的我公司商船，运载的就是从海外带来的各种货物。”
江南之富庶，徐光启是本地人，自然是知道的。可他没有预料到中华公司的实力竟然已经达到如此程度：上千艘船在长江江面上来来往往，搬运的是江南的财富。中华军沿途大把撒银子，把长江下游沿岸的几乎所有船只都雇用了，大批长江上的渔民水手纷纷加入到这支空前庞大的商业运输船队中去。
在江面上游弋的飞字号、镇字号巨舰，那巨无霸一般的船身以及两舷上下数排的炮窗，给徐光启的震动也很大，他不由地对兵科给事中赵兴邦说：“中华公司船坚炮利，仅此一艘战舰，就可抵我水师所有的战船了。”
赵兴邦苍白着脸说道：“徐大学士有所不知，你被海寇困在天津的时候，我朝廷水师舰船，已经基本上被他们全部摧毁了。现在官军水师战船，仅仅能在武昌、汉口一带活动……”
徐光启一行在南京燕子矶登陆上岸，前来迎接的是南京士绅官民的代表，中华军没有出面。那些士绅官民代表都是在南京城陷之日，无奈被困在城中的。他们见到徐光启，纷纷上前诉说苦衷，请求朝廷对他们网开一面，并且和海商们早日达成和议，他们也好脱离被软禁的境地。
两天后，金陵城应天府衙之内。
“开海裕国、通商富民，这本是利国利民的大好事，无奈朝廷不允，才有此次战事。徐大人此来招抚，是我等沿海商民的福分……”尹峰与徐光启一见面，开‘门’见山就直奔主题，没有什么寒暄和客套。徐光启丝毫不以为意，以一种平等相待的态度与尹峰拱手见礼。这使得一边站着的曾山、徐鸿基等人有点意外，不由地对徐光启很有好感。
徐光启见尹峰身后站着几名西洋传教士：尹峰的‘私’人顾问陆若汉、台湾副主教金尼阁。金尼阁是利玛窦的追随者，和徐光启比较熟悉，两人当下也以天主教礼节见礼。
谈判很快直入主题：尹峰代表中华公司同意与朝廷停战，并且从两京撤军。但
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