亡中的柔佛首相为理由，下令对柔佛进行彻底搜查后，他的直属部队和民兵对柔佛进行了一次彻底地洗劫和屠杀，一场大规模的种族清洗。他们任意闯入土著居民家中烧杀抢掠，或者在当地华人带路下闯入贵族领主家中抄家。遇到抵抗的地主贵族，马六甲守备团士兵就用大炮说话，连人带房子轰成碎片。只有那些与华人华侨关系不错的柔佛商人得以躲过一劫……他们躲入了那些华人富商家中，或者躲在了中华商馆内。
在这一次马来人**之‘乱’中，柔佛的华人受到了财产损失，中华商馆被柔佛苏丹卫队抢掠一空，不过，华人们的人身安全并没有受到侵害，基本上没有人被杀。因此，在郑芝龙部队开始全城洗劫时，一些柔佛人就得到了华人们的保护，得以幸免与难。
长时间屠杀后，到当晚后半夜，民兵们首先开始嫌麻烦--开枪‘射’杀、刺刀挑死、砍刀砍死这些毫无反抗的人实在太麻烦。一些华人民兵组织（主要成员为前海盗分子的）将大群土著人不分男‘女’老少捆在一齐，形成一长串人链，强行带到海边后，民兵们把大捆的手雷点燃后抛入人群，活活将人群炸成血‘肉’模糊的一堆堆尸体。
火光在柔佛城内彻夜不熄，被杀死的柔佛土著抛尸路边，上万具尸体汇集起来的血水，在早晨的阳光下，染红了柔佛海滩。
麦大海指挥的舰队一部分来自台湾舰队，一部分隶属南洋舰队，只是马六甲成为南洋舰队主基地才一年，他们原先驻扎在雅加达和马尼拉。因此，中华军海军方面对柔佛没有什么‘私’仇。他们对马六甲守备团及民兵们的行为非常吃惊。麦大海派人连夜上岸，好不容易在刀光血海的柔佛王宫内找到了郑芝龙。他警告郑芝龙，柔佛国内很多土著商人和中华公司有贸易联系，郑一官想报仇雪恨，可以！但是不要因此损害了公司的利益。
这时，郑芝龙的舅父黄逞被牵连进朝廷内‘奸’案一事，尚未传到马六甲。
船主大王大舅子的面子，郑芝龙还是要顾着一点的。他自己也觉得，这场大清洗搞得有点过火了。毕竟，凭他自己手头的部队，不可能清除掉所有土著。在事情平定后，这些土著依然是华人庄园、工厂的劳动力，还会是马六甲镇守府的征税对象。郑芝龙忽然觉得自己可能犯了错误，赶紧下令在全柔佛范围内结束大搜捕。
但是，此刻那些杀红了眼华人民兵已经无法压制自己的**，连中华军马六甲守备团某些部队也参加了大规模屠杀抢掠行动。派出去宣布命令、重申军纪的监军部人员，甚至也参加
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