前来拜访尹峰的，是号称天主教中国传教三大支柱：徐光启、杨廷筠、李之藻三人中的杨廷筠与李之藻。此二人是应中华军总统领尹峰的邀请，前来接收一批被关押在南京大狱内的天主教徒。这些教徒都是前一年、万历四十四年南京教难中的受害者。
南京教案是天主教在明朝中国传播时，第一次遭遇到的政治上直接打击。主使者是南京礼部‘侍’朗沈榷。他分别三次上书朝廷“参远夷”，指控耶稣会传教士潜入中国，行踪可疑，图谋不轨。列举的罪状有二：一是西方传教士参预修历，违背了尚书尧舜以来的中国传统历法；二是不让教徒祭祀祖宗，乃是大逆不道。沈槯要求朝廷将传教士驱逐出境。
万历皇帝对他的奏章不置可否。但是沈槯有司礼监太监的支持和内阁大学士方从哲的支持，不待朝廷明旨，就将王丰肃(后改名为高一志)与谢务禄(后改名为曾德昭)等十三名传教士、教徒抓了起来。
王丰肃在狱中被狱卒打得体无完肤、半死不活。随着沈槯的又一道上疏直接指控天主教谋反：“据其所称天主，乃彼国第一罪人……矫巫称尊，欺诳视听，亦不足辩也。但使止行异教，非有‘阴’谋，何故于洪武岗王气所钟，辄‘私’盘据；又何故于孝陵卫寝前，擅造‘花’园。……据查，台湾海寇俱奉其教，肆孽海上，大逆不道……”神宗荒于政，沈榷勾结太监，矫诏驱夷。南北两京传教士纷纷被捕入狱。他们的住所被拆、教堂大多被毁。
说起来，中华公司反抗海禁一事，也影响了这次教难。由于台湾公开允许天主教传教，因此这也成了天主教谋反的一项罪证。
尹峰的军队攻入南京城时，这伙传教士和教徒刚刚被移解到了都察院。当官员衙役都逃跑之后，这些特殊的犯人就落入了中华军之手。
这些教难受害者不仅有王丰肃与谢务禄等西洋传教士，还有中国籍教徒钟鸣礼与钟鸣仁两兄弟，已经被判押往关外为奴。钟鸣仁，是第一个入耶稣会的中国人，他的号叫念江，广东新会人，通晓葡萄牙语等多种西方语言，曾任利玛窦的翻译，从行数年。另外还有十多名中国籍教徒，其中有耶稣会的实习修士。他们受到了中华军很好的对待，由中华军中的天主教徒照顾。
在朝廷拒绝和谈之后，尹峰一方面决定再次扩大对朝廷的军事攻击力度，另一方面向在朝野之间寻找能够上下斡旋的人。
这时他想到了这群教难受害者，立刻向在杭州的杨廷筠、李之藻发出信件，信中说：久仰二位是努力弘扬西学的大家，
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